在整理内阁大库档案的同时，傅斯年还组织领导并亲自参加了《明实录》的校勘整理。
1930年，一个偶然的机会，整理内阁大库档案的工作人员发现案卷中有明朝内阁进呈的《熹宗实录》的散页。整理内阁大库档案的工作人员差不多都是明史方面的专家，自然知道北平图书馆藏红格本《明实录》正缺《熹宗实录》13卷。
有着极强责任感的傅斯年得知此事后，马上做出决定，从这些散页中找到红格本《明实录》的缺文，并据此改正《明实录》其他部分的脱漏与讹误。
明十三朝实录计三千零四十五卷，正文约二万八千余页，一千六百余万字。《明实录》主要是根据明朝档案写成，内阁大库所藏明清档案系原始资料，可纠正官书的讳饰，使人对明清史有一新的了解。而实录系根据档册修成，明代档册多已散佚，则明实录也可说是原始资料。历代修正史，多取材于实录。明朝档案今存世甚少，《明实录》可以算是关于明朝历史的最足珍贵的直接史料了，它比《明史》具有更加重要的史料价值。
因此，傅斯年对此项工作十分重视。
1930年下半年，傅斯年向北平图书馆洽借《明实录》红格本予以晒蓝，费时年余方才完成。而内阁大库中的千余张《熹宗实录》散页须逐页装裱，此工作至1932年1月始告结束。
1932年6月，在民国二十二年六月，承兵工署以广方言馆旧藏明实录钞本赠予“中央史语所”。兵工署存广言馆旧藏《明实录》，此本仅缺《熹宗实录》，是官方藏书中较完善的本子。
待准备工作基本就绪后，傅斯年聘请李晋华来历史语言研究所，专门负责校勘《明实录》。
民国二十二年七月，助理员李晋华先生到职。李晋华曾就读于中山大学历史系，是傅斯年的得意门生。中山大学毕业后即入燕京大学文科研究所，著有《明代勅撰书考》及《明史纂修考》二书，由燕京大学出版。李先生专攻明史，由他来主持《明实录》校勘，自然是合适人选。
明十三朝实录计3045卷，正文约28000余页，1600余万字，决非一个人所能校完。因此在二十三年七月，傅斯年又增聘那廉君、邓诗熙、潘悫三先生任初校，由李晋华任覆校，并兼总负责。
李晋华主持下，按照事先的商定，校勘时他们以红格晒蓝本《明实录》为底本，与广言馆旧藏本对校，遇有缺疑，则以北平图书馆藏礼王府本、北京大学图书馆藏本、武汉大学图书馆藏本及史语所原藏朱丝栏精抄本相参校。
如太祖实录，晒蓝本缺卷十四至二十四，此十一卷即据广本钞配，而以北平图书馆藏礼王府本校勘；宣宗实录晒蓝本缺卷一至十二，此十二卷即以广本配补，而以北京大学藏本校勘。
英宗实录广本缺景泰元年正月至五月计六卷，此六卷即以北京大学本校勘。世宗实录广本嘉靖三十七年正月至十二月各卷，审其纸墨行欵系钞配，而钞配者以嘉靖朝他年事写于嘉靖三十七年各月下，实为冒充，这十余卷则是北京大学本钞配全。
神宗实录广本缺万历四年至八年及十四年至十七年各卷，晒蓝本也同样缺失，这一部分也是据北大本校。
1933年春，史语所由北平迁至上海，第二年又由上海迁南京。
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